Im Rothmaler-Atlasband sind mehr als 3000 Habituszeichnungen von Wildpflanzen der Flora Deutschlands enthalten. Jede Pflanze ist wissenschaftlich exakt und maßstabsgetreu mit mehreren charakteristischen Details dargestellt. Pfeile weisen auf wichtige Unterscheidungsmerkmale zwischen ähnlichen Arten hin. Vegetative Merkmale, auch solche, die im Textband nicht beschrieben werden, erleichtern die Bestimmung im blütenlosen Zustand. Die genauen Wuchsformdarstellungen illustrieren die Möglichkeiten der vegetativen Vermehrung und Ausbreitung. Angaben zur Größe, Lebensform, Blütezeit und zum Naturschutz ergänzen die Abbildungen.
Für die 12. Auflage wurden mehr als 210 Pflanzenarten neu gezeichnet und weitere 60 bereits bestehende Zeichnungen ergänzt oder korrigiert. In der 13. Auflage wurden Fehler korrigiert und Details aktualisiert.
Die weitreichenden Änderungen im modernen System der Gefäßpflanzen erforderten eine neue Anordnung der Abbildungen und viele Umbenennungen, wie sie bereits für die 20. Auflage des Grundbandes (2011) umgesetzt wurden. Bisher gültige Namen der Familien, Gattungen und Arten wurden als Synonyme ins Register aufgenommen. Grundband und Atlasband des Rothmaler Exkursionsflora von Deutschland entsprechen einander nun in der Benennung und Reihenfolge der Sippen.
Der Atlasband kann weiterhin selbständig zur Erkennung in Deutschland wild vorkommender Arten genutzt werden, ermöglicht aber auch die Kontrolle von Bestimmungen mit dem Grundband und bietet rasche Hilfe bei der Unterscheidung ähnlicher Arten.
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